Paquete de análisis multiómico - Aplicaciones
Software de análisis de datos de LC/MS, GC/MS
Aplicaciones
| Aplicaciones | Fecha Fecha de creación |
|---|---|
2023-04-09 | |
2023-04-09 | |
2022-06-02 | |
2021-11-26 | |
2019-06-03 |
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Ejemplo de análisis de datos
Uso del paquete de métodos del mediador lipídico para mostrar los cambios cuantitativos en plasma y suero humanos
El mapa metabólico anterior se desarrolló en cooperación con el Departamento de Lipidomía de la Facultad de Medicina de la Universidad de Tokio. Para obtener más detalles, consulte Application News 01-00250.
Uso del paquete de métodos de perfilado de cultivo celular para mostrar el perfil de tiempo-curso de los metabolitos en sobrenadante de cultivo de célula iPS.
Estos datos fueron proporcionados por el Centro de Investigación y Desarrollo para Terapia Celular, Fundación para Investigación Biomédica a Innovación, Kobe. Para obtener más detalles, consulte Application News C209.
Análisis integral de extractos celulares y sobrenadantes de cultivo de E. coli y levadura utilizando el paquete de métodos de metabolitos primarios
Estos datos fueron proporcionados por el Centro de Investigación de Ingeniería Biológica Kobe University.
Uso del paquete de métodos de ácidos biliares para analizar plasma y metabolitos en sangre humana en heces de ratón
Para obtener más detalles, consulte Application News 01-00196.
Análisis de las diferencias metabólicas en Drosophila mutantes utilizando LC/MS y GC/MS -Integración de datos de LC-MS y GC-MS en mapas metabólicos-
Para obtener más detalles, consulte Application News 01-00410 y 01-00491
Herramientas para el análisis de datos
Herramientas para el análisis de datos
El paquete de análisis multiómico se basa en herramientas de software (llamadas dispositivos) que se lanzaron en la plataforma GARUDA, una plataforma de investigación abierta desarrollada por la GARUDA Alliance y dirigida por The Systems Biology Institute, Japón (SBI).
Herramientas de análisis de datos utilizadas en el paquete de análisis multiómico
Volcano Plot
Herramienta que combina una prueba t (diferencia estadísticamente significativa) y un cambio múltiplo (Ejemplo: diferencia en el valor medio como 2 veces o 1/2) para visualizar las diferencias entre los dos grupos. El dispositivo Volcano Plot desarrollado por Shimadzu se incluye en el paquete.
EasyStats
Esta herramienta es para visualizar resultados del análisis de los componentes principales (PCA) o del análisis jerárquico por grupos (HCA) o gráficos de cajas (incluida la prueba t) de los datos de medición. Puede mostrar los resultados del análisis de datos de metabolitos en una sola ventana para permitir la determinación integral de los cambios característicos.
Herramienta VANTED
mantenida en la Universidad de Konstanz, Alemania, para la visualización y el análisis de redes en diferentes conjuntos de datos. (El apoyo de GARUDA se desarrolló en Monash University)
Herramienta bioinformática Cytoscape
desarrollada por el Consorcio Cytoscape, utilizada para visualizar rutas metabólicas, integrar perfiles de expresión genética con datos relacionados, etc. Es especialmente útil para analizar redes y visualizar correlaciones.
Paquetes y bases de datos de métodos correspondientes
* El paquete de análisis multiómico se incluye con el paquete de métodos LC/MS/MS para metabolito primario, el perfil de cultivo celular y el conjunto del paquete de métodos de metabolitos.
* No hay un mapa en blanco para la visualización correspondiente a los ácidos grasos de cadena corta en la base de datos de masa exacta para metabolitos endógenos.
